Hirurško lečenje glaukoma se primenjuje kada druge metode lečenja ne daju rezultate. Oftalmolog će na osnovu toka bolesti, vrednosti intraokularnog pritiska i stadijuma oštećenja proceniti kada je pravo vreme za hirurško lečenje. Trabekulektomija je hirurška metoda lečenja koja predstavlja "zlatni standard" u hirurgiji glaukoma. Podrazumeva pravljenje reza na beonjači i trabekulumu čime se formira otvor u komornom uglu oka kroz koji očna vodica otiče iz unutrašnjosti oka u prostor ispod sluzokože oka. Na ovaj način se snižava vrednost očnog pritiska. Operacija se izvodi kao jednodnevna hirurška procedura u lokalnoj anesteziji i traje oko 30 minuta. Da bi se održao postignuti efekat potrebne su relativno česte kontrole nakon operacije u toku prvih nekoliko nedelja. Vidna oštrina može biti smanjena u toku prve dve nedelje. Kod određenog broja pacijenata i nakon operacije ne dolazi do dovoljnog sniženja očnog pritiska i oni moraju i dalje koristiti antiglaukomnu terapiju. Ukoliko je potrebno operacija se može ponoviti.